En 1936 se llenó de prisioneros de derechas, y de 1936 a 1938, además de continuar como prisión, fue el escenario del fusilamiento de 173 personas. En este lugar murió fusilado el presidente de la Generalitat de Catalunya Lluís Companys el 15 de octubre de 1940.
El castillo se mantuvo como prisión militar hasta 1960. Después se cedió a la ciudad bajo la dirección y gestión del Ejército de tierra. Pasados tres años de obras para acondicionarlo como museo militar, el 24 de junio de 1963 Francisco Franco presidió la inauguración.
